Właściwa akcję dramatu poprzedza „Przygotowanie”. Jest 31 grudnia 1799 roku, w chacie Twardowskiego, gdzieś w Karpatach, odbywa się sabat czarownic i szatanów. To oni wprawiają w ruch „wiekowy zegar”, zaczynając nowe stulecie. Mówią o narodzie, który ma się podnieść, zwyciężyć i upaść – to aluzja do sytuacji Polski przed powstaniem listopadowym. Mefistofel modli się za ten lud, a w kotle przyrządzani są późniejsi przywódcy powstania. W momencie ich tworzenia już są obarczeni negatywnymi cechami: Józef Chłopicki jest za stary i nie potrafi skorzystać z siły jaką może dać mu prosty lud; książę Adam Czartoryski, to świetny dyplomata lecz kiepski przywódca; Jan Skrzynecki jest zbyt ostrożny w działaniu, brak mu werwy i odwagi; Jan Krukowiecki będzie okrzyknięty zdrajca, gdyż podda się przed końcem walk. Za nimi idą jeszcze Julian Ursyn Niemcewicz, którego szkodliwa poezja zniechęca do zrywów i Joachim Lelewel, dobry mówca, z którego słów nie płynie żaden głębszy sens.
„Prolog” uważany jest za polemikę Słowackiego z tezami Adama Mickiewicza. Uważa jego mesjanizm za usypiający. Naród nie może jego zdaniem czekać na cud, przeciwnicy Mickiewicza chcą walki i czynów. Sam Słowacki chciałby pogodzić oba zwaśnione nurty, wieszcząc nową ideę i nową poezje, która da narodowi ducha walki.
W „Akcie I” poznajemy Kordiana, piętnastolatka, który ma typową dla swego wieku chorobę – melancholię. Jest nieszczęśliwie zakochany, czyta tylko kolejne romanse i przebywa na łonie natury. Jego nieszczęśliwa miłość pcha go jednak go samobójstwa. Kordian próbuje odebrać sobie życie strzałem w głowę.
„Akt II” przedstawia nam nieco już starszego Kordiana, który najwyraźniej przeżył próbę samobójczą. Rozpoczął wędrówkę, która ma go doprowadzić do odnalezienia wielkiej idei. Zaczyna się ona w londyńskim James Parku, gdzie spotyka się z dozorca. Rozmowa z tym prostym człowiekiem uświadamia mu, że wszystko jest na sprzedaż. W Dover, czytając „Króla Leara” Williama Shakespeare'a, Kordian dochodzi do wniosku, że dysonans między literaturą i realiami jest ogromny. Z kolei we Włoszech młodzieniec poddaje próbie swoja tamtejszą kochankę, Wiolettę. Twierdzi ona, że go kocha, ale kiedy oznajmia, że stracił majątek, nagle odchodzi. Zniesmaczony Kordian stwierdza, że nawet za miłość trzeba płacić. Korzystając z wizyty w Rzymie, postanawia szukać u papieża słów wsparcia dla Polski. Ojciec Święty nie tylko odmawia Polakom błogosławieństwa, chce ich nawet przekląć, jako bezbożników, którzy podnieśli rękę na cara, boskiego pomazańca. Papież jest zresztą pokazany jako człowiek nie w pełni władz umysłowych, co możemy stwierdzić widząc jak rozmawia z papugą.
Ostatnia scena tego aktu pokazuje nam Kordiana w Alpach, na szczycie Mont Blanc, gdzie ogłasza swe odkrycie: Polska ma być Winkelriedem narodów. Porównanie kraju do średniowiecznego szwajcarskiego bohatera pokazuje drogę, jaką ma zdaniem Słowackiego przejść Polska. Ma się poświęcić w walce.
„Akt III” rozpoczyna się od obrazu ludzi czekających na koronację. Car Mikołaj I ma zostać królem Polski. Przed Zamkiem w Warszawie kłębią się tłumy gapiów, jednak car przemyka niepostrzeżenie. Widoczny za to jest brat cara, Wielki Książę Konstanty, który z impetem wychodzi z katedry, tratując po drodze matkę z małym dzieckiem. W wyniku obrażeń dziecko umiera.
W podziemiach kościoła zbiera się grupa spiskowców, planująca zamach na cara. Dla części z nich jest to królobójstwo, a więc rzecz absolutnie niezgodna z kodeksem honorowym i niespotykana w polskiej tradycji. Kordian jest nieugięty, przekonuje, że to niezbędny krok, jednak zostaje przegłosowany, postanawia więc, że sam przeprowadzi zamach.
W kolejnej scenie spotykamy Kordiana, skradającego się do sypialni cara. Spotyka jednak personifikacje Imaginacji i Strachu, które paraliżują go i nie pozwalają działać, niedoszły zamachowiec mdleje przed drzwiami. Car każe żołnierzom, by go zabrali. Kordian trafia do szpitala dla umysłowo chorych.
W szpitalu poznajemy dwóch innych pacjentów – jednemu z nich wydaje się, że jest mitycznym Atlasem, drugi zaś twierdzi, że jest krzyżem Chrystusa. Kordian nie spędza z nimi jednak zbyt wiele czasu, ponieważ Wielki Książę Konstanty planuje dla niego okrutna śmierć. Chce urządzić dla swojego brata przedstawienie, podczas którego ciało niedoszłego carobójcy zostanie rozerwane przez konie na cztery strony. Daje jednak Kordianowi szansę. Obiecuje mu, że puści go wolno, jeśli uda mu się niemożliwa do zrealizowania sztuka. Chodzi o to, by konno przeskoczył przez piramidę, którą żołnierze zbudują z bagnetów.
Mimo że sztuka ta się udaje, car postanawia zgładzić człowieka, który był na tyle śmiały, by zaplanować zamach na niego. Budzi to sprzeciw Konstantego, który złożył więźniowi obietnicę. Kłótnia między braćmi pokazuje ich charaktery, dowiadujemy się też o ich tajemnicach – car oskarżany jest przez Konstantego o ojcobójstwo, podczas gdy sam Wieki Książę zostaje nazwany mordercą i gwałcicielem. Wreszcie jednak Konstantemu udaje się przekonać brata i wysyłają gońca z ułaskawieniem.
Tymczasem Kordian stoi już przed plutonem egzekucyjnym na Polu Marsowym, zaś oficer, mający dać sygnał do strzału, nie widzi carskiego adiutanta, który przynosi ułaskawienie...
Zakończenie dramatu nie daje jednoznacznej odpowiedzi co do losów Kordiana.